BLASTN 2.2.3 [Apr-24-2002]
Reference:
Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
Query= PTA.sd.19.C1
(1290 letters)
Database: ../PTA.blast_byTAIR/DB/ATH1_cdna_cm_20040228.fa
29,161 sequences; 44,058,232 total letters
Searching..................................................done
Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value
At1g01240.1 68414.m00039 expressed protein 2537 0.0
At1g01240.2 68414.m00040 expressed protein 2337 0.0
At1g01240.3 68414.m00041 expressed protein 2335 0.0
At2g46550.1 68415.m05807 expressed protein 94 4e-18
At5g67490.1 68418.m08511 expressed protein 44 0.003
>At1g01240.1 68414.m00039 expressed protein
Length = 1288
Score = 2537 bits (1280), Expect = 0.0
Identities = 1287/1288 (99%), Gaps = 1/1288 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 2 gagaaacgaaaattaaaaaaaaaagagaagaaaagccaaaagcttcggtcgcgcaagatc 61
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1 gagaaacgaaaattaaaaaaaaa-gagaagaaaagccaaaagcttcggtcgcgcaagatc 59
Query: 62 gcttcatttgtttctagagtgattcatggattctttaaactactaataatggatttttgt 121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 60 gcttcatttgtttctagagtgattcatggattctttaaactactaataatggatttttgt 119
Query: 122 tgtgtcttaatgaaataatgggagcagctgaagcaagagcattgtggcaaagaacagcta 181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 120 tgtgtcttaatgaaataatgggagcagctgaagcaagagcattgtggcaaagaacagcta 179
Query: 182 gtcgttgctttgttgttcatgaggatgctaagatggctccgaggttagcttgttgccaac 241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 180 gtcgttgctttgttgttcatgaggatgctaagatggctccgaggttagcttgttgccaac 239
Query: 242 accaacaatcttcttcgggcaacaccgaaaaaaacagcttttcttccggaagttttggag 301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 240 accaacaatcttcttcgggcaacaccgaaaaaaacagcttttcttccggaagttttggag 299
Query: 302 attcctctgatttctcttgtgataccaaatggtggcttaagggatcaactggttttgatg 361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 300 attcctctgatttctcttgtgataccaaatggtggcttaagggatcaactggttttgatg 359
Query: 362 aggaggttacaaactcctttcttgaagataccaaatgcaagaaattgcatgaatttgtcg 421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 360 aggaggttacaaactcctttcttgaagataccaaatgcaagaaattgcatgaatttgtcg 419
Query: 422 acttaatcggaatacgagaagaagaagactacagctttattagcaagaaagctgacgcta 481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 420 acttaatcggaatacgagaagaagaagactacagctttattagcaagaaagctgacgcta 479
Query: 482 caacaccgtggtggagaagcacgacggataaagatgaattagctctcatggtggcgacta 541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 480 caacaccgtggtggagaagcacgacggataaagatgaattagctctcatggtggcgacta 539
Query: 542 aatcggttgatcataatatccagaattgtgatcttcctccacctcaaaaactccacaaga 601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 540 aatcggttgatcataatatccagaattgtgatcttcctccacctcaaaaactccacaaga 599
Query: 602 gtattcactcctcgagtggagaaaaagggtttaaaacagcggttaaatcgccatggaagc 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 600 gtattcactcctcgagtggagaaaaagggtttaaaacagcggttaaatcgccatggaagc 659
Query: 662 aaggagtttggaaggatcggtttgagagatctttgagttacaatggtagcacagagagca 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 660 aaggagtttggaaggatcggtttgagagatctttgagttacaatggtagcacagagagca 719
Query: 722 agaacacgagtccaatgtcttcccctagaagtgatgatctaagcaaaggtcagcttttag 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 720 agaacacgagtccaatgtcttcccctagaagtgatgatctaagcaaaggtcagcttttag 779
Query: 782 aagcactaaggcattctcaaaccagggcaagagaagcagagagagcagcgagagaagctt 841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 780 aagcactaaggcattctcaaaccagggcaagagaagcagagagagcagcgagagaagctt 839
Query: 842 gcgctgagaaagaccgtgtgataacaatcttgttgaaacaagcgagtcagatgttggctt 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 840 gcgctgagaaagaccgtgtgataacaatcttgttgaaacaagcgagtcagatgttggctt 899
Query: 902 ataagcaatggttaaagcttcttgaaatggaagctctttatctgcagatgaagaaggaag 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 900 ataagcaatggttaaagcttcttgaaatggaagctctttatctgcagatgaagaaggaag 959
Query: 962 aagaacaagaggaacaggtcaaaggaatgaatctgaagaagagaaaacagagaggggaga 1021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 960 aagaacaagaggaacaggtcaaaggaatgaatctgaagaagagaaaacagagaggggaga 1019
Query: 1022 agaagaaaaagggtgagactgggagatatatgatggcttttgcattagggtttagtctca 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1020 agaagaaaaagggtgagactgggagatatatgatggcttttgcattagggtttagtctca 1079
Query: 1082 ttggtgctggtttgctcttaggttggactgttggatggttgcttcccttctagaatcttg 1141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1080 ttggtgctggtttgctcttaggttggactgttggatggttgcttcccttctagaatcttg 1139
Query: 1142 aaatgtcttctctttggtcactcatcttttcaagagttttaggttttataacttttcact 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1140 aaatgtcttctctttggtcactcatcttttcaagagttttaggttttataacttttcact 1199
Query: 1202 ttacctctaaaattgtgtgtatattttgttaatgtatgtattgtgtgatgtttgtgtaaa 1261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1200 ttacctctaaaattgtgtgtatattttgttaatgtatgtattgtgtgatgtttgtgtaaa 1259
Query: 1262 tttaatcttctgtagaagtttatttggt 1289
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1260 tttaatcttctgtagaagtttatttggt 1287
>At1g01240.2 68414.m00040 expressed protein
Length = 1368
Score = 2337 bits (1179), Expect = 0.0
Identities = 1179/1179 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 111 tggatttttgttgtgtcttaatgaaataatgggagcagctgaagcaagagcattgtggca 170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 189 tggatttttgttgtgtcttaatgaaataatgggagcagctgaagcaagagcattgtggca 248
Query: 171 aagaacagctagtcgttgctttgttgttcatgaggatgctaagatggctccgaggttagc 230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 249 aagaacagctagtcgttgctttgttgttcatgaggatgctaagatggctccgaggttagc 308
Query: 231 ttgttgccaacaccaacaatcttcttcgggcaacaccgaaaaaaacagcttttcttccgg 290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 309 ttgttgccaacaccaacaatcttcttcgggcaacaccgaaaaaaacagcttttcttccgg 368
Query: 291 aagttttggagattcctctgatttctcttgtgataccaaatggtggcttaagggatcaac 350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 369 aagttttggagattcctctgatttctcttgtgataccaaatggtggcttaagggatcaac 428
Query: 351 tggttttgatgaggaggttacaaactcctttcttgaagataccaaatgcaagaaattgca 410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 429 tggttttgatgaggaggttacaaactcctttcttgaagataccaaatgcaagaaattgca 488
Query: 411 tgaatttgtcgacttaatcggaatacgagaagaagaagactacagctttattagcaagaa 470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 489 tgaatttgtcgacttaatcggaatacgagaagaagaagactacagctttattagcaagaa 548
Query: 471 agctgacgctacaacaccgtggtggagaagcacgacggataaagatgaattagctctcat 530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 549 agctgacgctacaacaccgtggtggagaagcacgacggataaagatgaattagctctcat 608
Query: 531 ggtggcgactaaatcggttgatcataatatccagaattgtgatcttcctccacctcaaaa 590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 609 ggtggcgactaaatcggttgatcataatatccagaattgtgatcttcctccacctcaaaa 668
Query: 591 actccacaagagtattcactcctcgagtggagaaaaagggtttaaaacagcggttaaatc 650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 669 actccacaagagtattcactcctcgagtggagaaaaagggtttaaaacagcggttaaatc 728
Query: 651 gccatggaagcaaggagtttggaaggatcggtttgagagatctttgagttacaatggtag 710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 729 gccatggaagcaaggagtttggaaggatcggtttgagagatctttgagttacaatggtag 788
Query: 711 cacagagagcaagaacacgagtccaatgtcttcccctagaagtgatgatctaagcaaagg 770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 789 cacagagagcaagaacacgagtccaatgtcttcccctagaagtgatgatctaagcaaagg 848
Query: 771 tcagcttttagaagcactaaggcattctcaaaccagggcaagagaagcagagagagcagc 830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 849 tcagcttttagaagcactaaggcattctcaaaccagggcaagagaagcagagagagcagc 908
Query: 831 gagagaagcttgcgctgagaaagaccgtgtgataacaatcttgttgaaacaagcgagtca 890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 909 gagagaagcttgcgctgagaaagaccgtgtgataacaatcttgttgaaacaagcgagtca 968
Query: 891 gatgttggcttataagcaatggttaaagcttcttgaaatggaagctctttatctgcagat 950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 969 gatgttggcttataagcaatggttaaagcttcttgaaatggaagctctttatctgcagat 1028
Query: 951 gaagaaggaagaagaacaagaggaacaggtcaaaggaatgaatctgaagaagagaaaaca 1010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1029 gaagaaggaagaagaacaagaggaacaggtcaaaggaatgaatctgaagaagagaaaaca 1088
Query: 1011 gagaggggagaagaagaaaaagggtgagactgggagatatatgatggcttttgcattagg 1070
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1089 gagaggggagaagaagaaaaagggtgagactgggagatatatgatggcttttgcattagg 1148
Query: 1071 gtttagtctcattggtgctggtttgctcttaggttggactgttggatggttgcttccctt 1130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1149 gtttagtctcattggtgctggtttgctcttaggttggactgttggatggttgcttccctt 1208
Query: 1131 ctagaatcttgaaatgtcttctctttggtcactcatcttttcaagagttttaggttttat 1190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1209 ctagaatcttgaaatgtcttctctttggtcactcatcttttcaagagttttaggttttat 1268
Query: 1191 aacttttcactttacctctaaaattgtgtgtatattttgttaatgtatgtattgtgtgat 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1269 aacttttcactttacctctaaaattgtgtgtatattttgttaatgtatgtattgtgtgat 1328
Query: 1251 gtttgtgtaaatttaatcttctgtagaagtttatttggt 1289
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1329 gtttgtgtaaatttaatcttctgtagaagtttatttggt 1367
>At1g01240.3 68414.m00041 expressed protein
Length = 1941
Score = 2335 bits (1178), Expect = 0.0
Identities = 1178/1178 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 112 ggatttttgttgtgtcttaatgaaataatgggagcagctgaagcaagagcattgtggcaa 171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 763 ggatttttgttgtgtcttaatgaaataatgggagcagctgaagcaagagcattgtggcaa 822
Query: 172 agaacagctagtcgttgctttgttgttcatgaggatgctaagatggctccgaggttagct 231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 823 agaacagctagtcgttgctttgttgttcatgaggatgctaagatggctccgaggttagct 882
Query: 232 tgttgccaacaccaacaatcttcttcgggcaacaccgaaaaaaacagcttttcttccgga 291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 883 tgttgccaacaccaacaatcttcttcgggcaacaccgaaaaaaacagcttttcttccgga 942
Query: 292 agttttggagattcctctgatttctcttgtgataccaaatggtggcttaagggatcaact 351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 943 agttttggagattcctctgatttctcttgtgataccaaatggtggcttaagggatcaact 1002
Query: 352 ggttttgatgaggaggttacaaactcctttcttgaagataccaaatgcaagaaattgcat 411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1003 ggttttgatgaggaggttacaaactcctttcttgaagataccaaatgcaagaaattgcat 1062
Query: 412 gaatttgtcgacttaatcggaatacgagaagaagaagactacagctttattagcaagaaa 471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1063 gaatttgtcgacttaatcggaatacgagaagaagaagactacagctttattagcaagaaa 1122
Query: 472 gctgacgctacaacaccgtggtggagaagcacgacggataaagatgaattagctctcatg 531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1123 gctgacgctacaacaccgtggtggagaagcacgacggataaagatgaattagctctcatg 1182
Query: 532 gtggcgactaaatcggttgatcataatatccagaattgtgatcttcctccacctcaaaaa 591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1183 gtggcgactaaatcggttgatcataatatccagaattgtgatcttcctccacctcaaaaa 1242
Query: 592 ctccacaagagtattcactcctcgagtggagaaaaagggtttaaaacagcggttaaatcg 651
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1243 ctccacaagagtattcactcctcgagtggagaaaaagggtttaaaacagcggttaaatcg 1302
Query: 652 ccatggaagcaaggagtttggaaggatcggtttgagagatctttgagttacaatggtagc 711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1303 ccatggaagcaaggagtttggaaggatcggtttgagagatctttgagttacaatggtagc 1362
Query: 712 acagagagcaagaacacgagtccaatgtcttcccctagaagtgatgatctaagcaaaggt 771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1363 acagagagcaagaacacgagtccaatgtcttcccctagaagtgatgatctaagcaaaggt 1422
Query: 772 cagcttttagaagcactaaggcattctcaaaccagggcaagagaagcagagagagcagcg 831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1423 cagcttttagaagcactaaggcattctcaaaccagggcaagagaagcagagagagcagcg 1482
Query: 832 agagaagcttgcgctgagaaagaccgtgtgataacaatcttgttgaaacaagcgagtcag 891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1483 agagaagcttgcgctgagaaagaccgtgtgataacaatcttgttgaaacaagcgagtcag 1542
Query: 892 atgttggcttataagcaatggttaaagcttcttgaaatggaagctctttatctgcagatg 951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1543 atgttggcttataagcaatggttaaagcttcttgaaatggaagctctttatctgcagatg 1602
Query: 952 aagaaggaagaagaacaagaggaacaggtcaaaggaatgaatctgaagaagagaaaacag 1011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1603 aagaaggaagaagaacaagaggaacaggtcaaaggaatgaatctgaagaagagaaaacag 1662
Query: 1012 agaggggagaagaagaaaaagggtgagactgggagatatatgatggcttttgcattaggg 1071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1663 agaggggagaagaagaaaaagggtgagactgggagatatatgatggcttttgcattaggg 1722
Query: 1072 tttagtctcattggtgctggtttgctcttaggttggactgttggatggttgcttcccttc 1131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1723 tttagtctcattggtgctggtttgctcttaggttggactgttggatggttgcttcccttc 1782
Query: 1132 tagaatcttgaaatgtcttctctttggtcactcatcttttcaagagttttaggttttata 1191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1783 tagaatcttgaaatgtcttctctttggtcactcatcttttcaagagttttaggttttata 1842
Query: 1192 acttttcactttacctctaaaattgtgtgtatattttgttaatgtatgtattgtgtgatg 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1843 acttttcactttacctctaaaattgtgtgtatattttgttaatgtatgtattgtgtgatg 1902
Query: 1252 tttgtgtaaatttaatcttctgtagaagtttatttggt 1289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1903 tttgtgtaaatttaatcttctgtagaagtttatttggt 1940
Score = 206 bits (104), Expect = 3e-52
Identities = 111/112 (99%), Gaps = 1/112 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 2 gagaaacgaaaattaaaaaaaaaagagaagaaaagccaaaagcttcggtcgcgcaagatc 61
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 29 gagaaacgaaaattaaaaaaaaa-gagaagaaaagccaaaagcttcggtcgcgcaagatc 87
Query: 62 gcttcatttgtttctagagtgattcatggattctttaaactactaataatgg 113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 88 gcttcatttgtttctagagtgattcatggattctttaaactactaataatgg 139
>At2g46550.1 68415.m05807 expressed protein
Length = 1645
Score = 93.7 bits (47), Expect = 4e-18
Identities = 59/63 (93%)
Strand = Plus / Plus
Query: 132 tgaaataatgggagcagctgaagcaagagcattgtggcaaagaacagctagtcgttgctt 191
||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct: 170 tgaaataatggcagcagctgaagcaagagcagtgtggcaaagaacagttaatcgttgctt 229
Query: 192 tgt 194
|||
Sbjct: 230 tgt 232
Score = 44.1 bits (22), Expect = 0.003
Identities = 34/38 (89%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1082 ttggtgctggtttgctcttaggttggactgttggatgg 1119
|||||||||||||||| | || |||||||||||||||
Sbjct: 1312 ttggtgctggtttgcttcttggatggactgttggatgg 1349
>At5g67490.1 68418.m08511 expressed protein
Length = 800
Score = 44.1 bits (22), Expect = 0.003
Identities = 25/26 (96%)
Strand = Plus / Plus
Query: 941 atctgcagatgaagaaggaagaagaa 966
||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct: 431 atctgcagatgcagaaggaagaagaa 456
Database: ../PTA.blast_byTAIR/DB/ATH1_cdna_cm_20040228.fa
Posted date: Jun 25, 2004 12:58 PM
Number of letters in database: 44,058,232
Number of sequences in database: 29,161
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 81,645
Number of Sequences: 29161
Number of extensions: 81645
Number of successful extensions: 2530
Number of sequences better than 10.0: 94
length of query: 1290
length of database: 44,058,232
effective HSP length: 18
effective length of query: 1272
effective length of database: 43,533,334
effective search space: 55374400848
effective search space used: 55374400848
T: 0
A: 40
X1: 6 (11.9 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 17 (34.2 bits)